Au croisement de l'ensemble des services du musée, la documentation scientifique conserve les inventaires, catalogues, dossiers, en lien direct avec les collections du musée.
L'inventaire informatisé des oeuvres (plus de 40 000 fiches objets) est accessible à la bibliothèque (base Micromusée).
Les dossiers d'oeuvres rassemblent l'historique de l'oeuvre depuis son arrivée au musée : inventaire, documentation, expositions, échanges de correspondance, rapports de restauration, analogies et acquisition.
 
Les dossiers documentaires, organisés par artistes, sites archéologiques, types d'objets ou techniques, histoire du musée complètent également le fonds.
Quelques chiffres 
          > 140 mètres linéaires de documents
          > Plus de 2 000 dossiers d'oeuvres